W 1950 roku na Krzeptówkach osiedlili się księża Pallotyni. Rok później zbudowano tam kaplicę, którą metropolita krakowski, arcybiskup Baziak poświęcił 11 października 1959 r. Dwa lata później kardynał Stefan Wyszyński przekazał zakopiańskim pallotynom figurę Matki Bożej Fatimskiej, otrzymaną od biskupa Fatimy. W tym samym roku poświęcona ona została na Krzeptówkach przez biskupa Karola Wojtyłę.

W 1987 roku, tuż obok kaplicy, rozpoczęto budowę kościoła, będącego votum wdzięczności za uratowanie życia Ojca Świętego Jana Pawła II po zamachu na niego w dniu 13 maja 1981 roku. Autorem projektu gmachu jest architekt Stanisław Tylka z Zakopanego, zaś wnętrze świątyni zbudowano pod kierownictwem ks. Mirosława Drozdka, przy szerokiej współpracy specjalistów. Wykonawcami drewnianego wystroju wnętrza kościoła są górale. W fundamentach kościoła wmurowano różaniec ofiarowany przez Papieża oraz zdjęcie Ojca Świętego Jana Pawła II. Pod każdą cegłą kładzioną na fundamentach zamurowano Cudowny Medalik. 7 czerwca 1997 roku Jan Paweł II uroczyście konsekrował kościół.

Organy znajdujące się w Sanktuarium na Krzeptówkach wybudowane zostały przez firmę Vermeulen w roku 1923 w Maastricht w Holandii. Pierwotnie posiadały pneumatyczną traktórę gry i dyspozycję w stylu romantycznym. W roku 1979 zostały przerobione przez firmę Verschueren z Heuthuusen. Wymieniono membrany oraz zmieniono trakturę na elektro-pneumatyczną, równocześnie dokonując zmian w dyspozycji.

W 1998 roku dzięki Andrzejowi Guziakowi zostały one przeniesione do Sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej na Krzeptówkach w Zakopanem i powiększone o głos Bombarde 16’. Organy zostały wyposażone dodatkowo w: automat pedału, połączenia: P / MF / FF / TT i wł. Registrów.

Więcej informacji na www.smbf.pl