Kamień węgielny pod kościół Matki Bożej Nieustającej Pomocy poświęcono 6 sierpnia 1899, zaś w stanie surowym poświęcono go już 18 listopada 1899, natomiast ukończono ostatecznie latem 1900 roku. Podczas II wojny światowej doświadczano częstych rewizji i dnia 22 sierpnia 1942 rezydencja z nakazu hitlerowców została zamknięta. Kościół ponownie otwarto uroczyście dopiero 28 stycznia 1945.

W kościele czczony jest obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy, kopia wykonana w Rzymie z fundacji Marii Bnińskiej, zainstalowana na Górce 25 listopada 1900 roku. Podczas II wojny światowej przechowywany był w kościele św. Barbary w Krakowie. Co środę po wieczornej mszy św. odprawiana jest nowenna w intencji próśb i podziękowań skierowanych do Matki Bożej Nieustającej Pomocy.

„Chór kościelny urządzony wraz z całym kościołem został przyozdobiony piękną rzeźbiarską ornamentyką wykonana przez Józefa Turko z Przemyśla kosztem 300 koron. Organ muzyczny sporządzony w fabryce Riegera w Jagerndorf za sume 6040 koron, został wstawiony do kościoła 23 sierpnia 1900 roku.”(L. Grzebień SJ, A Michniak SJ, Księża Jezuici w Zakopanem, Kraków 1998).

Miejscowi jezuici pracują w duszpasterstwie. Głoszą kazania i spowiadają, prowadzą kapelanię szpitalną i opiekę nad stowarzyszeniami katolickimi. Od 1971 działa duszpasterstwo trzeźwości, założone przez O. Wojciecha Krupę.
Od września 2014 w kościele na „Górce” organizowane są Ignacjańskie Spotkania ze Sztuką, cykliczne wydarzenia nawiązujące do idei teatru jezuickiego, którego zadaniem było prowadzenie do Boga poprzez kontemplację piękna przedstawionego w dziełach sztuki.